Küçük moleküllü peptid hücrelerde önemli bir rol oynar, sadece besin ve onarım sağlamakla kalmaz, aynı zamanda işlevleri de geliştirir, bu arada alet ve malzemelerin taşınmasından da sorumludur.
Küçük moleküler peptitler, ara metabolik membranların (gastrointestinal mukoza, kılcal duvar, alveolar, meningeal membran, kırmızı kan hücresi duvarı, glomerüler bazal membran) geçirgenliğini artırır, besinleri etkili bir şekilde emebilir, toksinleri salgılayabilir ve patojen istilasına karşı koruma sağlayabilir.
Küçük moleküllü peptid, vücudun hasarlı dokuların yerini alacak yeni doku üretmesine yardımcı olabilecek çeşitli amino asitler sağlar.